Целью деятельности Агентства  является реализация государственной политики обеспечения доступности медицинского обслуживания. Главная задача Агентства – управлять средствами обязательного государственного  медицинского страхования, а также:

• заключать договора с лечебными учреждениями на оказание медицинских услуг, оплачиваемых государством;
• обеспечивать доступность медицинского обслуживания;
• производить оплату за медицинские услуги, а также за медикаменты, медицинские товары и приспособления, предназначенные для амбулаторного лечения;
• информировать общество о доступных медицинских услугах и порядке их получения, а также оказывать необходимую помощь жителям  в осуществлении их социальных прав;
• надзирать за возможностью получения медицинских услуг и за соответствием оказанных услуг нормативным актам, а также надзирать за использованием государственных средств в соответствии с заключенными договорами;
• анализировать финансовые и объёмные показатели медицинских услуг, прогнозировать объём медицинских услуг и оценивать их необходимость;
• формировать и актуализировать очереди пациентов на плановые медицинские услуги;
• возвращать в порядке регресса средства, потраченные на пациентов, лечение которых явилось следствием противоправной деятельности или преступного деяния.