Aģentūras darbības mērķis  ir realizēt valsts politiku veselības aprūpes pakalpojumu pieejamības nodrošināšanā. Aģentūras galvenais uzdevums ir administrēt valsts obligātās veselības apdrošināšanas finanšu līdzekļus, kā arī

• slēgt līgumus par valsts apmaksāto veselības aprūpes pakalpojumu sniegšanu ar ārstniecības iestādēm;
• nodrošināt veselības aprūpes pakalpojumu pieejamību;
• veikt samaksu par veselības aprūpes pakalpojumiem, kā arī ambulatorajai ārstniecībai paredzētiem medikamentiem, medicīniskajām ierīcēm un precēm;
• informēt sabiedrību par tai pieejamiem veselības aprūpes pakalpo­jumiem un to saņemšanas kārtību, kā arī sniegt nepieciešamo palīdzību iedzīvotājiem, lai tiktu īstenotas viņu sociālās tiesības;
• uzraudzīt veselības aprūpes pakalpojumu saņemšanas iespējas un to sniegšanas atbilstību normatīvajiem aktiem un uzraudzīt valsts budžeta līdzekļu izlietojumu saskaņā ar no­slēgtajiem līgumiem;
• analizēt veselības aprūpes pakalpojumu finanšu un apjoma rādītājus, prognozēt veselības aprūpes pakalpojumu apjomu un izvērtēt šo pakalpojumu nepieciešamību;
• veidot un aktualizēt plānveida veselības aprūpes pakalpojumu pieprasītāju rindas;
• regresa kārtībā atgūt līdzekļus par tiem pacientiem, kuru ārstēšana ir prettiesiskas darbības vai noziedzīga nodarījuma sekas.

Aģentūras nodaļu galvenās funkcijas ir nodrošināt kvalitatīvus un pieejamus veselības aprūpes pakalpojumus sava reģiona iedzīvotājiem. Veikt pakalpojumu racionālu plānošanu, slēdzot līgumus par to nodrošināšanu ar ārstniecības iestādēm un aptiekām, un nodrošināt pakalpojumu  apmaksu no valsts budžeta līdzekļiem.